日本で働いたり、学校に通うなど、中長期に渡り滞在する際に、日本に入国を希望する外国人又はその代理人（日本国内居住）は、予め最寄りの地方入国管理局へ申請書類を提出することにより、事前に、在留資格の認定を受けることができます。在留目的が短期滞在（観光や短期商用等）の場合は不要となります。認定を受けた外国人には「在留資格認定証明書」交付されます。
査証（ビザ）発給申請の際、また、我が国の空港等における上陸審査の際に、この証明書を提出すれば、審査がスムーズになります。
（例）企業で採用予定の外国人就労者の「在留資格認定証明書」を代理で申請する場合の流れ
１．日本国内にて代理人が書類をそろえて「在留資格認定証明書」の交付を、地方入国管理局へ申請する。
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２．入国管理局より「在留資格認定証明書」が交付される。証明書は日本の代理人に届く。
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３．代理人が外国人本人へ「在留資格認定証明書」を送付する
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４．在外日本大使館にて外国人本人が「在留資格認定証明書」を提示してビザ申請
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５．在外日本大使館にてビザが交付される
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６．外国人が日本の空港にてビザと「在留資格認定証明書」を提示。パスポートに上陸許可の証印が押され、在留資格とその期限が明記されます。また、在留カードが発行されます。
現在、在留資格には27種類があり、就労や就学に適合した資格の他、配偶者や永住者など、身分や地位に基づく在留資格があります。それぞれ、日本に在留する目的・活動に応じて、在留資格の申請を行います。申請に必要な書類は在留資格によって異なります。